2003年至2012年，在师生员工的共同努力下，我校在“211工程”建造项目中加快速度进行展开，研究生院被教育部同意正式建立，国家“优势学科立异渠道”项目建造真实开端发动，教育院（部）增加到15个，博、硕士一级学科授权点别离到达9个和27个，本科专业（方向）扩大为57个。

  2003年11月，我校与武警森林指挥校园签署协议，协助武警森林指挥校园开教育。这是我校施行智力拥警、首个警地联合办学的协议。

  2003年，在抗击“非典”的战争中，我校仔细贯彻执行上级单位有关精力，全面布置和查看执行各项防控作业，保证校园安稳和广阔师生的生命安全。

  2004年，国家理科根底科学研究与教育人才培养基地北京林业大学生物学专业点顺畅经过国家验收。

  我校《测量学原理》《数据库原理及使用教程》《计算机网络安全根底》《森林培养学》四部精品教材经过北京市教育委员会评定。

  同年，教育部安排专家组对75所一般高等校园本科教育作业水平做评价。北京林业大学等43所校园本科教育作业的评价定论为优异。

  到2005年，教育部共安排五届“高等教育国家级教育效果奖评定”，我校取得接连三届取得国家级教育效果一等奖的佳绩。此外，我校取得国家级教育效果二等奖3项，省部级教育效果奖20项。

  我校2000年发动“要点课程建造规划”，对60余门根底及专业根底课程进行建造。2001年，在对“九五”课程建造全面总结的根底上，校园拟定《“十五”课程建造的规划》，采纳比较有用办法进一步深化课程体制改革。2003年以来，校园加大精品课程建造力度，建造效果明显：《欣赏植物学》课程被评为国家级精品课程；《森林有害生物操控》等七门课程被评为北京市精品课程；《树木学》等三十余门课程被确立为校级精品课程。

  左图为教育部关于发布2004年度国家精品课程名单的告诉；右图为北京市教育委员会关于发布2005年度北京地区高等校园市级精品课程名单的告诉

  2005年9月，我校评出六个精品专业和四个要点建造专业，并投入专项经费，发动专业要点建造作业。六个精品专业是林学、园林、生物科学、农林经管、水土保持与荒漠化防治、城市规划；四个要点建造专业是木材科学与工程、机械设计制作及其自动化、生物科学、英语专业。

  我校多年展开首都大学生“绿桥”系列活动，成为闻名的首都绿色环保及自愿服务品牌活动，得到社会的广泛认可。

  2007年9月，我校获“全国政务揭露作业先进单位”称谓，是教育部体系中该年仅有获此荣誉的单位。

  在接连三年被评为“首都文明单位”后，我校在2007年荣获“首都文明单位标兵”称谓。

  2009年9月，我校风景园林、野生动物与自然保护区办理获批第四批高等校园特征专业建造点；11月，我校林产化工专业获批第五批高等校园特征专业建造点。

  2009年10月1日，我校师生参与国庆60周年大众“农业展开”方阵扮演。

  2010年11月29日，教育部、国家林业局共建北京林业大学、东北林业大学、西北农林科技大学签字仪式在我校隆重举行。

  2011年10月19日，我校标本馆开馆，标本馆的建成对教育科研具有极端重大意义。

  2011年10月，我校与其他职业特征高校组成北京高科大学联盟。该联盟的建立标志着我国高水平职业特征型大学进入实质性战略协作阶段。

  2012年12月29日，作为我国林业体系首个协同立异中心，林木资源高效培养与使用协同立异中心在我校建立。